Музей архитектуры располагает тремя выставочными пространствами: Анфилада главного дома усадьбы Талызиных-Устиновых XVIII–XIX веков, обновлённый флигель «Руина» и средневековое пространство Аптекарского приказа — трапезных палат XVII века.

Во дворике музея, закрытом от шумных улиц столицы и доступном москвичам в режиме работы учреждения, представлена коллекция скульптуры — подлинные фрагменты Триумфальной арки Осипа Бове, решётки оград XIX–XX веков, садово-парковая скульптура XVIII–XIX веков.

В музее проводятся выставки, посвящённые истории отечественной и зарубежной архитектуры, а также смежных дисциплин.