История театра началась в 1988 году, когда Пётр Наумович Фоменко набрал группу студентов в свою учебную мастерскую на режиссёрском факультете ГИТИСа. Её выпускники составили костяк молодого театра, позднее труппа дважды пополнялась учениками мастера. «Мастерская» соединила в себе стремление к поискам и экспериментам с традициями русского репертуарного театра.

В 2008 году у «Мастерской» появилось новое здание на набережной Тараса Шевченко, отвечающее современным технологическим требованиям. Новая сцена расположена напротив входа в старое здание. После смерти Петра Фоменко в 2012 году художественным руководителем театра стал Евгений Каменькович.