Музей кикладского искусства был основан семейством Гуландрисов, одной из самых состоятельных и знатных семей в Греции, и посвящён изучению и популяризации древней культуры Эгейского моря и Кипра, с особым акцентом на кикладское искусство III тысячелетия до нашей эры.

Основную экспозицию Музея кикладского искусства представляют три отдела: Кикладская культура — ранняя бронза сутки (3200 — 2000 годы до н. э.), Древнегреческое искусство, начиная с бронзового века до позднего римского времени (второе тысячелетие до н. э. — 4 век н. э.) и Кипрская культура от энеолита до раннего христианского периода (4 тыс. до н. э. — 6 век н. э.).