Постоянная экспозиция музея, выставленная в 11 выставочных залах, демонстрирует посредством подлинных артефактов, визуальных материалов и мультимедийных средств всё многообразие византийской и поствизантийской культуры.

Музей располагает прекрасно организованными реставрационными мастерскими, образцовыми хранилищами с археологическими находками, многофункциональным залом и залом для проведения образовательных программ, а также двумя амфитеатрами, магазином и кафе-рестораном. Одно крыло здания предназначено для временных выставок.