В Музейный комплекс Национального музея в центре Праги входят Историческое и Новое здания, связанные между собой подземным переходом.

В Историческом здании 1891 года постройки на Вацлавской площади представлены четыре постоянные экспозиции:

Окна в доисторическую эпоху (Windows into Prehistory) ― о жизни на этой территории миллионы лет назад, среди экспонатов и окаменелые личинки трилобитов, и гигантские аммониты, и модели доисторических животных в натуральную величину.

Чудеса эволюции ― современная выставка естественной истории с самым известным экспонатом Национального музея ― скелетом финвала и другими 1500 уникальными предметами.

Залы минералов ― самые красивые и интересные минералы из коллекции музея, разнообразные космические метеориты и земные тектиты и импактиты.

История ― 2000 экспонатов, рассказывающих историю чешских земель с VIII века до Первой мировой войны.

В переходе между Историческим и Новым зданиями расположилась уникальная экспозиция Моменты истории, состоящая из трёх мультимедийных проекций, посвященных архитектурному развитию этого места с XIX века до наших дней, бурным событиям XX века, происходившим на Вацлавской площади, и повседневной жизни этого места.

В Новом здании представлены две экспозиции: История XX века ― о современной истории Чехии от Первой мировой войны до вступления Чешской Республики в Европейский союз.

Детский музей ― обширная выставка, предлагающая новые взгляды на природу, людей и их творения с помощью интерактивных экспонатов и игровых элементов.